Hun erstattes av Johanna Hagström, opplyser det internasjonale skiforbundet (FIS) i en melding.
24-åringen har ikke fått det til å fungere etter covidsykdom i slutten av november. På lørdagens skiathlon var hun nesten to minutter bak vinner Ebba Andersson. I et intervju med Aftonbladet utelukket ikke den svenske skistjernen å stå over søndagens renn.
Det har hun og nå bestemt seg for å gjøre.
Karlsson utelukket heller ikke å droppe sesongens store høydepunkt, Tour de Ski.
– Slik som kroppen er nå, er jeg ikke sikker på om jeg tar meg gjennom hele Touren, sa Karlsson til Aftonbladet.
Tour de Ski starter 30. desember.