Italieneren kostet Newcastle 70 millioner euro i sommer, men ble suspendert i ti måneder for å ha spilt på kamper i Italia før overgangen til Tyneside.
Nå anklager FA han for å ha spilt på flere kamper i sesongstarten.
Det skriver FA i en pressemelding torsdag. Tonali har fram til 5. april på å respondere på siktelsen.
Newcastle skriver i en melding på egne hjemmesider at de er gjort kjent med siktelsen. De skriver at Tonali har klubbens fulle støtte i etterforskningen.
Tonali fikk debuten sin for Newcastle mot Aston Villa i sesongpremieren. Han scoret i debuten. Han fikk åtte kamper før han fikk straffen sin for bettingen han drev med i AC Milan.
FA mener at Tonali satset penger på fotballkamper 50 ganger i perioden fra nettopp Premier League-åpningen og fram til 12. oktober, samme dag som han ble avhørt om regelbruddene fra italiensk fotball.
Hans foreløpig siste opptreden i Newcastle-drakten kom hjemme mot Borussia Dortmund i Champions League 25. oktober. Da fikk han 25 minutter som innbytter.