I den aktuelle sketsjen skal Kobayashi ha sagt «La oss spille Holocaust». Ifølge The Mainichi har det nå ført til at han har fått sparken, noe som ble bekreftet av Japans OL-minister Seiko Hashimoto og OL-sjef Toshiro Muto på en pressekonferanse torsdag morgen.
Det skriver New York Times-journalist Motoko Rich, som skriver at Muto sier at de nå vil gjennomgå hele det planlagte programmet for fredagens åpningsseremoni.
Hendelsen er den siste i en rekke med skandaler rundt arrangementet.
I februar gikk Yoshiro Mori av som OL-sjef etter å ha kommet med nedsettende kommentarer da han kritiserte planen om å øke antall kvinnelige styremedlemmer til 40 prosent.
– Styremøter med mange kvinner tar mer tid. Kvinner er konkurransemennesker. Når en hever hånden for å snakke, føler andre tydeligvis at de også må gjøre det. Så alle snakker, sa Mori.
VGs OL-studio: Få siste nytt her
I mars trakk Hiroshi Sasaki seg fra stillingen som kreativ sjef for Tokyo-lekene etter å ha kommet med en nedsettende kommentar rettet mot en kvinnelig japansk underholdningsstjerne.
Tidligere denne uken trakk OL-komponist Keigo Oyamada seg fra åpnings- og avslutningsseremonien etter at uttalelser fra 90-tallet begynte å sirkulere på nettet. Der skal han ha fortalt at han mobbet skolekamerater med funksjonshemninger.
– Jeg beklager fra dypet av mitt hjerte at mine utsagn og handlinger har såret mine klassekamerater og deres pårørende, skrev han på sin hjemmeside.